창립자들은 한민족의 고통과 시련이 궁극적으로 남북한의 분단과 긴장에 기인하고 있으며, 겨레의 염원인 조국의 평화적 통일을 앞당기기 위해서는 이문제를 전문적으로 연구하는 기관이 필요하다는데 인식을 공유하였다.

       이후 재단 설립은 본격적으로 추진되었으며, 그 결과 1983년 11월 25일 창립총회를 갖게 되었다. 이후 1984년 7월 재단업무가 개시되었으며, 1985년에 장학사업이, 1986년 1월에 연구사업, 1988년 아웅산 유가족 소득지원사업이 시작되었다.

       법인 명칭이 현재의 "재단법인 세종재단"으로 개칭된 것은 1996년 9월이며, 현재 재단 이사장, 이사회, 감사, 법인사무국 조직으로 구성되어 있다.

       세종재단은 "나라의 안전과 남북통일 및 대외관계에 필요한 연구와 교육연구를 통해 나라와 사회의 발전에 이바지함을 목적으로 한다"는 설립목적에 따라, 부설 세종연구소를 통한 "연구사업"과 세종 국정과제 연수과정인 "교육·연수사업"를 충실히 수행하고 있다.